為發揮Y-STR家系排查法的巨大作用，建立全國性統一數據庫是最直接、最有用的方法。但是目前，我國DNA數據庫尚未對Y-STR基因座統一建庫，各地僅少量地區建立了區域性的Y-STR數據庫，這其中有多方面的因素，因此利用Y-STR家系排查法進行比對排查缺乏一定的基礎。如果能夠開發區域性家系Y-STR數據庫應用系統，Y-STR檢測技術無疑將為案件偵破提供更多且更有價值的線索。如何開發區域性Y-STR數據庫應用系統乃至全國性數據庫應用系統需注意以下幾個方面的問題。
（1）地域的選擇
Y-STR家系排查法多應用于農村地區，特別是以家族式群居的自然村落。而且我國是一個多民族國家，56個民族有著各自的民俗、風情、生活**慣和群居地。特別是一些少數民族，民族特征明顯，對外交流少，在民族的演化過程中有著很強的父系群體遺傳特征。具有這些特征的居住人群遺傳關系相對穩定，適合溝通Y-STR基礎數據庫。近年來，符合以上環境特征并且通過Y-STR家系排查鎖定犯罪嫌疑人的案件屢有報道。
（2）基因座的選擇
目前為止，可用的Y-STR遺傳標記有四百多種，并且將來有更多的Y-STR遺傳標記被發現和應用。建庫時需要選擇符合擴增能力強，多態性高，并且適合中國人群的基因座。隨著Y-STR基因座數目的不斷增加，無血緣關系的男性個體擁有過同一單倍型的機會則不斷減少。但是，選擇什么樣的遺傳標記，選擇多少個遺傳標記，還需要對這些基因座的多態性進行相關研究，不斷完善各個基因座的群體遺傳學參數，從而來篩選能夠滿足建庫所需的基因座。國內已有不少群體相關數據資料的報道。目前有研究稱，五核苷酸和六核苷酸重復單位的基因座比三核苷酸和四核苷酸重復單位的基因座突變率更低，在群體遺傳學和進化學研究中的意義更大。
（3）數據庫中人員樣本的選擇
如何能夠向上溯源，且使劃分的家系少而精，同時還能做到全面、完整，這是一個重點，也是一個難點。可以設想以村小組為單位，對村落家系進行統計，同時對遷入和遷出人員進行備案，然后交由辦案人員進行梳理，繪制出全面準確的家系圖，然后層層遞進，最終得到某個地區總的家系分布圖。在上述基礎上對個每個家系選取幾名代表性人員進行采樣，然后檢測Y-STR分型。
（4）突變問題
Y-STR基因座的突變率與常染色體STR基因座接近，為0.1%-0.2%，因此，在建立Y-STR數據庫時要充分考慮到隨機突變帶來的問題。對于入庫個體的背景資料和親緣關系要盡可能詳近，以便于日后查找溯源。
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