PCR擴增STR等位基因的產物中包含著許多DNA分子，怎樣分離這些產物是具有挑戰性的問題。一個復合擴增PCR反應可以產生20個或更多的DNA片段，而這些片段必須要能彼此準確地區分，包括那些僅有一個堿基差異的等位基因（例如THO1基因座上的等位基因9.3和10）。通常分離單堿基差異的DNA片段長度均在100至400bp之間。這些分離方法必須能使結果重現，并可在不同實驗室間進行比對，這是非常重要的。
為了區分不同的分子，需要一種能分離不同長度片段的技術。常用的分離方法即電泳，包括平板電泳和毛細管電泳。
對于短串連重復DNA的PCR產物，其分離方法必須能區分每一個等位基因。雜合性等位基因可以通過電泳分離不同長度的片段，倒如，平板電泳或毛細管電泳。
電泳( electrophoresis) -詞來源于希臘語electron和拉丁語phore，因為電泳的過程依賴于分子所攜帶的電荷。對于DNA而言，其磷酸根基團帶有負電荷，而核酸之所以呈酸性也是因這些磷酸根基團很容易釋放出氫離子，使核酸在絕大多數緩沖液中帶有負電荷。在電場作用下，DNA分子將離開陰極向陽極泳動。電壓越高，DNA分子所受的電場力就越大，移動速度也就越快。
離子在電場中的移動會產生熱量，這些熱量必須要散發掉，否則會被系統吸收。過量的熱會使凝膠產生弧形的電泳譜帶，在一些特殊的情況中？凝膠也會融化和斷裂。正如本章結尾部分所討論，毛細管電泳之所以具有很強的優越性，因為毛細管具有較高的表面積與體積之比使散熱更為容易。
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