親子鑒定應(yīng)用的原理是孟德?tīng)栠z傳學(xué)。即孩子的基因型一半來(lái)自父親，另一半來(lái)自母親。
遺傳學(xué)的兩個(gè)基本定律——分離定律和自由組合定律，統(tǒng)稱(chēng)為孟德?tīng)栠z傳規(guī)律。
因此，在分析兩者間的親子關(guān)系時(shí)，看每一位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的兩者數(shù)據(jù)是否至少有一個(gè)數(shù)字完全相同，至少有一個(gè)相同的才代表符合遺傳規(guī)律，即子代的遺傳基因能從親代中找到遺傳的來(lái)源。如親代的基因型為12、16，子代的基因型的兩個(gè)數(shù)字至少有一個(gè)是12或是16。
判定親生關(guān)系的理論依據(jù)是孟德?tīng)栠z傳的分離律。按照這一規(guī)律，在配子細(xì)胞形成時(shí)，成對(duì)的等位基因彼此分離，分別進(jìn)入各自的配子細(xì)胞。精、卵細(xì)胞受精形成子代，孩子的兩個(gè)基因組一個(gè)來(lái)自母親，一個(gè)來(lái)自父親;因此同對(duì)的等位基因也就是一個(gè)來(lái)自母親，一個(gè)來(lái)自父親。鑒定結(jié)果如果符合該規(guī)律，則不排除親生關(guān)系，若不符合，則排除親生關(guān)系(變異情況除外)。
在大多數(shù)的情況下，母、子關(guān)系是已知的，要求鑒定假設(shè)父和孩子是否親生關(guān)系。此時(shí)首先從母、子基因型的對(duì)比中，可以確定孩子基因中可能來(lái)自父親的基因(生父基因，OG)。 然后觀察假設(shè)父親的基因型，如果不具有生父基因，則可排除假設(shè)父與孩子的親生關(guān)系。若假設(shè)父也具有生父基因，結(jié)果就不能排除假設(shè)父的親生關(guān)系，假設(shè)某案例中母親是FGA-22/23型，孩子為22/25型，從比較中可確定生父基因是FGA-25。此案中假設(shè)父1為FGA-22/24型;假設(shè)父2為24/25型。其中假設(shè)父1不具備生父基因25，故可排除他與孩子的親生關(guān)系;相比之下，假設(shè)父2因具有FGA-25，不排除與孩子有親生關(guān)系。
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